5、土壤缺氧
有機質在分解過程中消耗土壤中的氧氣，使土壤暫時性的處于缺氧狀態，會使作物生長受到抑制。
6、 肥效緩慢
未發酵腐熟的雞糞中，養分多為有機態或緩效態，不能被作物直接吸收利用，只有分解轉化成速效態，才能被作物吸收利用。所以未發酵直接施用使肥效減慢。
7、 重金屬超標
雞糞中含有很高量的銅、汞、鉻、鎘、鉛、砷等重金屬，還有較多的激素殘留，造成農產品重金屬超標，給食品安全、柑桔產業的可持續發展埋下隱患。
8、 利用不便、效率低
未經處理的糞便，不易運輸，體積大，有效成分低，使用成本高。有機物向腐殖質轉化的時間較長，養分流失嚴重。
所以雞糞一定要經過發酵處理才能進行深加工或者再利用，雞糞進行發酵處理，不僅能殺蟲滅菌，還可提高雞糞的肥效，使用安全方便，抗病促長，更不會造成燒根燒苗的現象，可以保證農作物的高效生長，同時也減少了農民給農作物噴灑農藥的步驟，大大節省了農藥成本。
新興縣綠豐源肥業有限公司在雞糞堆制發酵過程中使用微生物菌群以輔料為載體與雞糞發酵，能夠快速使雞糞發酵制成肥料。
