有機肥料施入土孃后向兩個方向轉化。一是把復雜的有機質分解為簡單的化合物，最終變成無機化合物，即礦質化過程；二是把有機質礦鍛過稈形成的中間產物倉成為比較復輯的化合物，即腐殖化過程。

礦質化過程進人土壤的有機肥料在微生物分泌的酶作用下，使有機物分解為最簡單的化合物，最終變成二氧化碳、水和礦質養分，同時釋放出能量。這種過程為植物和微生物提供養分和活動能量，有二部分最后產物或.中間產物直接或間接地影晌土壤性質，并提供合成腐殖質的物質來源這些有機質包括糖類化合物、含氮有機化合物、含磷有機化合物、核蛋白、稱脂、含硫有機化合物V含硫蛋白質、脂肪、單寧、樹脂等。腐殖化過程該過程是在土壤微生物所分泌的酶作用下，將有機質分解所形成的簡單化合物和微生物生命活動產物合為成為腐殖質。土壤腐殖質的形成一般分為兩個階段：第一階段，微生物將有機殘體分解并轉化為較簡單的有機化合物，部分在轉化為礦化作用最終產物時，微生物本身的生命活動又產生再合成產物和代謝產物。第二階段，再合成組分，主要是芳香族物質和含氮的蛋白質類物質縮合成腐殖質分子。腐殖質在一定條件下可與礦物質膠體結合為有機無機復合膠體。腐殖質在一定的條件下也會礦質化分解，但其分解比較緩慢，是士驤有機質中最穩定的成分。